Kosmici próbują przejąć kontrolę nad Ziemią. W razie gdyby Godzilla miał się im przeciwstawić budują mechaniczną wersję stwora - Mechagodzillę. Ludzie wzywają legendarnego Seesara by pomógł Godzilli w walce.
Piętnasty film o Godzilli, bezpośrednia kontynuacja filmu "Godzilla kontra Mechagodzilla" i zarazem ostatnia część tzw. "Oryginalnej Serii". Kosmici po raz kolejny ingerują w sprawy Ziemi. Tym razem sprzymierzają się z naukowcem, odrzuconym przez środowisko i opinię publiczną za swoje...
Japonia, luty 1868 roku. Gdy szogunat Tokugawa chyli się ku upadkowi, a władza cesarza Meiji rośnie, Gonzo, cesarski żołnierz, powraca do Sawando, swojego rodzinnego miasta, by ogłosić koniec tyranii.
Od dziecka Hanpei uważany jest za dziecko urodzone z kobiety i psa, dlatego wszyscy nim pogardzają i nikt go nie szanuje. Aby się jakoś utrzymać zostaje ogrodnikiem. Dzięki temu, że potrafi wyhodować piękne kwiaty dostaje pracę na dworze lokalnego feudała. Pewnego dnia spotyka w lesie...
