Akcja rozgrywa się rok po wydarzeniach z serii anime. Po przejściu przez żmudną drogę przez wiele Linii Świata z powodu wynalezienia D-Maila wysyłanego w przeszłość, Rintarou Okabe przypuszczalnie wylądował w Bramie Steina - Linii Świata, w której żaden z jego przyjaciół nie...
