Podążaj za Neo, który prowadzi zwyczajne życie w San Francisco, gdzie jego terapeuta przepisuje mu niebieskie pigułki. Jednak Morfeusz oferuje mu czerwoną pigułkę i ponownie otwiera jego umysł na świat Matrix.
Jest rok 2125. Minęło już dwadzieścia pięć lat od kiedy Alec Mason poprowadził Kolonie Marsjańskie do wolności. Jake Mason, jako strażnik z Red Faction dba o utrzymanie wywalczonej przez ojca autonomii. Na swojej drodze napotyka potężnego wroga w postaci niebezpiecznej i tajemniczej...