Kaiju to ogromne potwory, które od lat terroryzują Japonię. Walczy z nimi specjalny oddział, a inna grupa zajmuje się sprzątaniem pozostałości po potyczkach z gigantycznymi bestiami. Kafka Hibino pracuje właśnie przy utylizacji resztek potworów. W przeszłości Kafka chciał zostać...
W opustoszałym, opanowanym przez bańki, nękanym anomaliami grawitacyjnymi Tokio młody człowiek spotyka tajemniczą dziewczynę. Ich znajomość jest brzemienna w skutki.
