Co by się stało, gdyby Shiroyasha nigdy nie nie istniał? I co się stało z Yorozuya? Edo jest zamieszane w chaos, który powstał przez nieznaną przyczynę. Sakata Gintoki żyje teraz w świecie, gdzie przyszłość została zmieniona bez niego. Teraz jako duch z przeszłości, po raz...
Akira uratował Tokio przed atakiem rakietowym. Po tej spektakularnej akcji zniknął bez śladu, zostawiając zdezorientowanej Saki swój telefon. Od tego momentu mija ponad pół roku, w czasie którego dziewczyna wraz z grupą przyjaciół pragnie odnaleźć Akirę. W tym celu bohaterka odbywa...
Historia dzieje się pod koniec czasów Edo. Poznajemy nastoletnią Chizuru Yukimure która wyruszyła na poszukiwania ojca. Po drodze jednak spotyka członków shinsengumi walczących z opętanymi jak dla niej ludźmi. Samurajowie chcą na początku pozbyć się niewygodnego świadka, jednak oni...