Kosmici próbują przejąć kontrolę nad Ziemią. W razie gdyby Godzilla miał się im przeciwstawić budują mechaniczną wersję stwora - Mechagodzillę. Ludzie wzywają legendarnego Seesara by pomógł Godzilli w walce.
Japonia, luty 1868 roku. Gdy szogunat Tokugawa chyli się ku upadkowi, a władza cesarza Meiji rośnie, Gonzo, cesarski żołnierz, powraca do Sawando, swojego rodzinnego miasta, by ogłosić koniec tyranii.