Jake to były obiecujący pilot Jaegerów, którego legendarny ojciec poświęcił życie, by ocalić świat przed inwazją olbrzymów Kaiju. Przemiana, jaka zaszła w Jake’u, zaprowadziła go do kryminalnego podziemia. Kiedy jednak kolejna inwazja pustoszy Ziemię, Jake otrzymuje ostatnią...
Po 14 latach Shinji budzi się na pokładzie AAA Wunder należącego do wrogiej NERV-owi organizacji założonej przez byłych członków NERV-u. Shinji słyszy głos Rei dochodzący z przesłanej mu na ratunek EVY-09 i udaje się do NERV-u. Kaworu Nagisa pokazuje Shinjiemu zmienioną ziemię....
Po buncie Chara powstaniu przeciw Federacji Ziemskiej przewodzi Hathaway Noa, ale spotkanie z oficerem wrogiej armii i tajemniczą dziewczyną wszystko zmienia.
Simon i Kamina mieszkają w podziemnym mieście monitorowanym przez wodza wioski. Kiedy Simon natrafia na artefakt i zwierzoludzie atakują z powierzchni, Simon i Kamina buntują się przeciwko nim.
Przyszłość, w systemie słonecznym wybucha wojna, w której walczą ze sobą Ziemianie i koloniści. Zaledwie po tygodniu walk ginie połowa ludzkości. Jedyna szansa na ocalenie Ziemi przed podbiciem tkwi w tajnym projekcie V, który realizowany jest w bazie w kolonii Side 7. Naukowcy tam...