Japońskie wojsko podejmuje "Projekt T" mający na celu przejęcie kontroli nad Godzillą z pomocą specjalistów od telepatii. Projekt kończy się fiaskiem, tak więc według nowego planu Godzilla ma zostać zlikwidowany przez robota - MOGUERĘ. Pojawia się jednak problem - z kosmosu przybywa...
Królestwo Seatopii wysyła na powierzchnię Ziemi Megalona i Gigana, by zniszczyli ludzkość. Godzilla przy pomocy skonstruowanego przez naukowców robota podejmuje walkę z agresorami.
To była pierwsza ekologiczna Godzilla. Tym razem z ścieków i innych zanieczyszczeń rodzi się Hedora. Potwór ten żywi się zanieczyszczeniami i dymem, przy których obrasta w siłę. Decyduje się on zniszczyć Japonię. Na ratunek przybywa Godzilla, ale sama nie jest w stanie dać sobie rady...
